W szesnastym roku życia opuściła dom rodzinny, by na służbie u zamożnych rodzin w Aleksandrowie, Łodzi i Ostrówku zarobić na własne utrzymanie i pomóc rodzicom. Przez cały czas bardzo pragnęła życia zakonnego, ale rodzicom powiedziała o swoich zamiarach dopiero w 1922 r. Ojciec jednak nie wyraził zgody, motywując odmowę brakiem pieniędzy na wyprawę wymaganą w klasztorach.
W lipcu 1924 r., kiedy Helena z koleżankami uczestniczyła w zabawie w parku koło łódzkiej katedry, Pan Jezus przemówił do niej i polecił niezwłocznie pojechać do Warszawy i wstąpić do klasztoru. Helena postanowiła nie wracać do domu i postawić rodziców przed faktem dokonanym. O tym planie powiedziała tylko siostrze, z którą była, i pierwszym pociągiem przyjechała do Warszawy. Tu następnego dnia zgłosiła się do Zgromadzenia Sióstr Matki Bożej Miłosierdzia przy ul. Żytniej. Musiała jednak jeszcze rok przepracować w Warszawie, aby odłożyć pieniądze na skromną wyprawę. 1 sierpnia 1925 r. została przyjęta do Zgromadzenia. Postulat odbywała w Warszawie, a nowicjat w Krakowie, gdzie w czasie obłóczyn zakonnych razem z habitem otrzymała imię Maria Faustyna. Od marca 1926 r. Bóg doświadczał siostrę Faustynę ogromnymi trudnościami wewnętrznymi; wiele przecierpiała aż do końca nowicjatu. W Wielki Piątek 1927 r. zbolałą duszę nowicjuszki ogarnął żar Bożej Miłości. Zapomniała o własnych cierpieniach, poznając, jak bardzo cierpiał dla niej Jezus. 30 kwietnia 1928 r. złożyła pierwsze śluby zakonne, następnie z pokorą i radością pracowała w różnych domach zakonnych, m.in. w Krakowie, Płocku i Wilnie, pełniąc rozmaite obowiązki. Zawsze pozostawała w pełnym zjednoczeniu z Bogiem. Jej bogate życie wewnętrzne wspierane było poprzez wizje i objawienia.
W zakonie przeżyła 13 lat. 22 lutego 1931 r. po raz pierwszy ujrzała Pana Jezusa Miłosiernego. Otrzymała wtedy polecenie namalowania takiego obrazu, jak ukazana jej postać Zbawiciela, oraz publicznego wystawienia go w kościele. Mimo znacznego pogorszenia stanu zdrowia pozwolono jej na złożenie profesji wieczystej 30 kwietnia 1933 r. Później została skierowana do domu zakonnego w Wilnie. Na początku 1934 roku zwróciła się z prośbą do artysty-malarza Eugeniusza Kazimirowskiego o wykonanie według jej wskazówek obrazu Miłosierdzia Bożego. Gdy w czerwcu ujrzała ukończony obraz, płakała, że Chrystus nie jest tak piękny, jak Go widziała.
Dzięki usilnym staraniom ks. Michała Sopoćko, kierownika duchowego siostry Faustyny, obraz został wystawiony po raz pierwszy w czasie triduum poprzedzającego uroczystość zakończenia Jubileuszu Odkupienia świata w dniach 26-28 kwietnia 1935 r. Został umieszczony wysoko w oknie Ostrej Bramy i widać go było z daleka. Uroczystość ta zbiegła się z pierwszą niedzielą po Wielkanocy, tzw. niedzielą przewodnią, która – jak twierdziła siostra Faustyna – miała być przeżywana na polecenie Chrystusa jako święto Miłosierdzia Bożego. Ksiądz Michał Sopoćko wygłosił wówczas kazanie o Bożym Miłosierdziu.
W 1936 r. stan zdrowia siostry Faustyny pogorszył się znacznie, stwierdzono u niej zaawansowaną gruźlicę. Od marca tego roku do grudnia 1937 r. przebywała na leczeniu w szpitalu na krakowskim Prądniku Białym. Wiele modliła się w tym czasie, odwiedzała chorych, a umierających otaczała szczególną modlitewną pomocą. Po powrocie ze szpitala pełniła przez pewien czas obowiązki furtianki. Starała się bardzo, by żaden ubogi nie odszedł bez najmniejszego choćby wsparcia od furty klasztornej. Wywierała bardzo pozytywny wpływ na wychowanki Zgromadzenia, dając im przykład pobożności i gorliwości, a zarazem wielkiej miłości.
Chrystus uczynił siostrę Faustynę odpowiedzialną za szerzenie kultu Jego Miłosierdzia. Polecił pisanie Dzienniczka
W kwietniu 1938 r. nastąpiło gwałtowne pogorszenie stanu zdrowia siostry Faustyny. Ksiądz Michał Sopoćko udzielił jej w szpitalu sakramentu chorych, widział ją tam w ekstazie. Po długich cierpieniach, które znosiła bardzo cierpliwie, zmarła w wieku 33 lat – 5 października 1938 r. Jej ciało pochowano na cmentarzu zakonnym w Krakowie-Łagiewnikach. W 1966 r. w trakcie trwania procesu informacyjnego w sprawie beatyfikacji siostry Faustyny, przeniesiono jej doczesne szczątki do kaplicy Sióstr Matki Bożej Miłosierdzia w Krakowie-Łagiewnikach.
S. Faustyna została beatyfikowana 18 kwietnia 1993 r., a ogłoszona świętą 30 kwietnia 2000 r. Uroczystość kanonizacji przypadła w II Niedzielę Wielkanocną, którą św. Jan Paweł II ustanowił wtedy świętem Miłosierdzia Bożego. Relikwie św. siostry Faustyny znajdują się w Krakowie-Łagiewnikach, gdzie mieści się sanktuarium Miłosierdzia Bożego odwiedzane przez setki tysięcy wiernych z kraju i z całego świata. Dwukrotnie nawiedził je również św. Jan Paweł II, po raz pierwszy w 1997 r., a po raz drugi – 17 sierpnia 2002 r., aby dokonać uroczystej konsekracji nowo wybudowanej świątyni w Krakowie-Łagiewnikach i zawierzyć cały świat Bożemu Miłosierdziu.
W ikonografii św. Faustyna przedstawiana jest w czarnym habicie, w stroju swego zgromadzenia.
O Jezu, któryś św. Faustynę uczynił wielką czcicielką nieograniczonego miłosierdzia Twego, racz za jej wstawiennictwem, jeśli to jest zgodne z najświętszą wolą Twoją, udzielić mi łaski…, o którą Cię proszę. Ja grzeszny nie jestem godzien Twego miłosierdzia, ale wejrzyj na ducha ofiary i poświęcenia Siostry Faustyny i nagródź jej cnotę, wysłuchując próśb, które za jej przyczyną z ufnością do Ciebie zanoszę.
Święta Siostro Faustyno – módl się za nami.
Modlitwa do św. Siostry Faustyny Jana Pawła II
Ty zaś, Faustyno, darze Boga dla naszej epoki, darze polskiej ziemi dla całego Kościoła, wyjednaj nam, abyśmy mogli pojąć głębię Bożego Miłosierdzia, pomóż nam, abyśmy osobiście go doświadczyli i świadczyli o nim braciom. Twoje orędzie światłości i nadziei niech się rozprzestrzenia na całym świecie, niech przynagla grzeszników do nawrócenia, niech uśmierza spory i nienawiści, niech uzdalnia ludzi i narody do czynnego okazywania braterstwa. My dzisiaj, wpatrując się razem z tobą w oblicze zmartwychwstałego Chrystusa, powtarzamy twoją modlitwę ufnego zawierzenia i mówimy z niezłomną nadzieją: „Jezu, ufam Tobie”.