Stanisław urodził się 28 grudnia 1550 r. w Rostkowie na Mazowszu (obecnie powiat przasnyski). Był synem Jana, kasztelana zakroczymskiego, i Małgorzaty z Kryskich (z Drobina). Krewni rodziny zajmowali eksponowane stanowiska w ówczesnej Polsce. Miał trzech braci: Pawła (+ 1607), Wojciecha (+ 1576) i Mikołaja, oraz dwie siostry, z których znamy imię tylko jednej, Anny. Historia nie przekazała nam bliższych szczegółów z lat dziecięcych Stanisława. Wiemy tylko z akt procesu beatyfikacyjnego, że był bardzo wrażliwy. Dlatego ojciec w czasie przyjęć, na których niekiedy musiał bywać także Stanisław, nakazywał gościom umiar w żartach, gdyż inaczej chłopiec może omdleć.
Pierwsze nauki Stanisław pobierał w domu rodzinnym. W wieku 14 lat razem ze swoim bratem, Pawłem, został wysłany do szkół jezuickich w Wiedniu. Kostkowie przybyli do Wiednia w dzień po śmierci cesarza Ferdynanda, to znaczy 24 lipca 1564 r. Wiedeńska szkoła jezuitów cieszyła się wówczas zasłużoną sławą. Codziennie odprawiano Mszę świętą. Przynajmniej raz w miesiącu studenci przystępowali do sakramentu pokuty i do Komunii. Modlono się przed lekcjami i po nich. Na pierwszym roku wykładano gramatykę, na drugim „nauki wyzwolone”, na trzecim – retorykę.
Początkowo Stanisławowi nauka nie szła zbyt dobrze. Nie otrzymał bowiem dostatecznego przygotowania w Rostkowie. Pod koniec trzeciego roku studiów należał już jednak do najlepszych uczniów. Władał płynnie językiem łacińskim i niemieckim, rozumiał również język grecki. Zachowały się zeszyty Stanisława z błędami poprawianymi ręką nauczyciela. Pozostały również notatki dotyczące problemów religijnych, jakie poruszano, aby chłopców przygotować także pod tym względem i umocnić ich w wierze katolickiej. Wolny czas Stanisław spędzał na lekturze i modlitwie. Ponieważ w ciągu dnia nie mógł poświęcić kontemplacji wiele czasu, oddawał się jej w nocy. Zadawał sobie także pokuty i biczował się. Taki tryb życia nie mógł się podobać kolegom, wychowawcy i bratu. Uważali to za rzecz niemoralną, a Stanisława za „dziwaka”. Usiłowali go przekonywać złośliwymi przycinkami „jezuity” i „mnicha”, a potem nawet biciem i znęcaniem skierować na drogę „normalnego” postępowania. Stanisław usiłował im dogodzić, dlatego nawet brał lekcje tańca. Nie potrafił się jednak w tym odnaleźć.
W grudniu 1565 r. ciężko zachorował. Według własnej relacji, był pewien śmierci, a nie mógł otrzymać Komunii świętej, gdyż właściciel domu nie chciał wpuścić kapłana katolickiego. Wówczas sama św. Barbara, patronka dobrej śmierci, do której się zwrócił, w towarzystwie dwóch aniołów nawiedziła jego pokój i przyniosła mu Wiatyk. W tej samej chorobie zjawiła mu się Najświętsza Maryja Panna z Dzieciątkiem, które złożyła mu na ręce. Od Niej też doznał cudu uzdrowienia i usłyszał polecenie, aby wstąpił do Towarzystwa Jezusowego.

Jezuici jednak nie mieli zwyczaju przyjmować kandydatów bez zezwolenia rodziców, a na to Stanisław nie mógł liczyć. Zdobył się więc na heroiczny czyn: zorganizował ucieczkę, do której się starannie przygotował. Było to 10 sierpnia 1567 r. Legenda osnuła ucieczkę szeregiem niezwykłych wydarzeń. O jej prawdziwym przebiegu dowiadujemy się z listu samego Stanisława. Za poradą swojego spowiednika, o. Franciszka Antonio, który był wtajemniczony w jego plany, Stanisław udał się nie wprost do Rzymu, gdzie byłby łatwo pochwycony w drodze, ale do Augsburga, gdzie przebywał św. Piotr Kanizjusz, przełożony prowincji niemieckiej. Spowiednik Stanisława stwierdza, że w drodze otrzymał on również łaskę Komunii świętej z rąk anioła, kiedy wstąpił do protestanckiego kościoła w przekonaniu, że jest to kościół katolicki. W Augsburgu nie zastał Piotra Kanizjusza, dlatego podążył dalej do Dylingi. Trasa z Wiednia do Dylingi wynosi około 650 km. W Dylindze jezuici mieli swoje kolegium. Tam Stanisław został przyjęty na próbę.
Wyznaczono mu zajęcia służby u konwiktorów: sprzątanie ich pokoi i pomaganie w kuchni. Stanisław boleśnie przecierpiał tę decyzję. Ufając jednak Bogu, starał się wypełniać swoje obowiązki jak najlepiej. Po powrocie do Dylingi św. Piotr Kanizjusz bał się przyjąć Stanisława do swojej prowincji w obawie przed gniewem rodziców i ich zemstą na jezuitach w Wiedniu. Mając jednak od miejscowych przełożonych bardzo dobre rekomendacje, skierował go wraz z dwoma młodymi zakonnikami do Rzymu z listem polecającym do generała. Droga była długa i uciążliwa. Stanisław z towarzyszami odbywał ją przeważnie pieszo. Dotarli tam 28 października 1567 r.

Stanisław został przyjęty do nowicjatu, który znajdował się przy kościele św. Andrzeja. Było z nim wtedy około 40 nowicjuszów, w tym czterech Polaków. Rozkład zajęć nowicjatu był prosty: modlitwy, praca umysłowa i fizyczna, posługi w domu i w szpitalach, konferencje mistrza nowicjatu i przyjezdnych gości, dyskusje na tematy życia wewnętrznego i kościelnego. Stanisław rozpoczął nowicjat pełen szczęścia, że nareszcie spełniły się jego marzenia. Ojciec jednak postanowił za wszelką cenę go stamtąd wydostać. Wykorzystał w tym celu wszystkie możliwości. Do Stanisława wysłał list, pełen wymówek i gróźb. Za poradą przełożonych Stanisław odpisał ojcu, że ten powinien raczej dziękować Bogu, że wybrał jego syna na swoją służbę. W lutym 1568 r. Stanisław przeniósł się z kolegium jezuitów, gdzie mieszkał przełożony generalny zakonu, do domu św. Andrzeja na Kwirynale, w którym pozostał do śmierci.
Swoim wzorowym życiem, duchową dojrzałością i rozmodleniem budował całe otoczenie. W pierwszych miesiącach 1568 r. Stanisław złożył śluby zakonne. Miał wtedy zaledwie 18 lat. W prostocie serca w uroczystość św. Wawrzyńca (10 sierpnia) napisał list do Matki Bożej i schował go na swojej piersi. Przyjmując tego dnia Komunię świętą, prosił św. Wawrzyńca, aby uprosił mu u Boga łaskę śmierci w święto Wniebowzięcia. Prośba została wysłuchana. Wieczorem tego samego dnia poczuł się bardzo źle. 13 sierpnia gorączka nagle wzrosła. Przeniesiono go do infirmerii. 14 sierpnia męczyły Stanisława mdłości. Wystąpił zimny pot i dreszcze, z ust popłynęła krew. Była późna noc, kiedy zaopatrzono go na drogę do wieczności. Prosił, aby go położono na ziemi. Prośbę jego spełniono. Przepraszał wszystkich. Kiedy mu dano do ręki różaniec, ucałował go i wyszeptał: „To jest własność Najświętszej Matki”.
Zapytany, czy nie ma jakiegoś niepokoju, odparł, że nie, bo ma ufność w miłosierdziu Bożym i zgadza się najzupełniej z wolą Bożą. Nagle w pewnej chwili, jak zeznał naoczny świadek, kiedy Stanisław modlił się, twarz jego zajaśniała tajemniczym blaskiem. Kiedy ktoś zbliżył się do niego, by zapytać, czy czegoś nie potrzebuje, odparł, że widzi Matkę Bożą z orszakiem świętych dziewic, które po niego przychodzą. Po północy 15 sierpnia 1568 r. przeszedł do wieczności. Kiedy podano mu obrazek Matki Bożej, a on nie zareagował na to uśmiechem, przekonano się, że cieszy się już oglądaniem Najświętszej Maryi Panny w niebie.

Jego kult zrodził się natychmiast i spontanicznie. Wieść o śmierci świętego Polaka rozeszła się szybko po Rzymie. Starsi ojcowie przychodzili do ciała i całowali je ze czcią. Wbrew zwyczajowi zakonu ustrojono je kwiatami. Z polecenia św. Franciszka Borgiasza, generała zakonu, ciało Stanisława złożono do drewnianej trumny, co również w owych czasach było wyjątkiem. Także na polecenie generała magister nowicjatu napisał o Stanisławie krótkie wspomnienie, które rozesłano po wszystkich domach Towarzystwa Jezusowego. Ojciec Warszewicki ułożył dłuższą biografię Stanisława. W dwa lata po śmierci współbracia udali się do przełożonego domu nowicjatu, aby pozwolił im zabrać ze sobą relikwię głowy Stanisława. Kiedy otwarto grób, znaleziono ciało nienaruszone.
Proces kanoniczny trwał jednak długo. W latach 1602-1604 Klemens VII zezwolił na kult. 18 lutego 1605 r. Paweł V zezwolił na wniesienie obrazu Stanisława do kościoła św. Andrzeja w Rzymie oraz na zawieszenie przed nim lampy i wotów; w 1606 r. ten sam papież uroczyście zatwierdził tytuł błogosławionego. Uroczystości beatyfikacyjne odbyły się najpierw w Rzymie w domu św. Andrzeja, a potem w Polsce. Był to pierwszy błogosławiony Towarzystwa Jezusowego. Klemens X zezwolił zakonowi jezuitów w roku 1670 na odprawianie Mszy świętej i brewiarza o Stanisławie w dniu 13 listopada. W roku 1674 tenże papież ogłosił bł. Stanisława jednym z głównych patronów Korony Polskiej i Wielkiego Księstwa Litwy. Dekret kanonizacyjny wydał Klemens XI w 1714 r. Jednak z powodu śmierci papieża obrzędu uroczystej kanonizacji dokonał dopiero Benedykt XIV 31 grudnia 1726 r. Wraz z naszym Rodakiem chwały świętych dostąpił tego dnia również św. Alojzy Gonzaga (+ 1591). Jan XXIII uznał św. Stanisława szczególnym patronem młodzieży polskiej.
Relikwie Świętego spoczywają w kościele św. Andrzeja na Kwirynale w Rzymie. Św. Stanisław Kostka jest patronem Polski (od 1671 r.) i Litwy, archidiecezji łódzkiej i warszawskiej oraz diecezji płockiej, a także Gniezna, Lublina, Lwowa, Poznania i Warszawy; oręduje także za studentami i nowicjuszami jezuickimi, a także za polską młodzieżą.

Św. Stanisławowi Kostce przypisuje się zwycięstwo Polski odniesione nad Turkami pod Chocimiem w 1621 r. W tym dniu o. Oborski, jezuita, widział św. Stanisława na obłokach, jak błagał Matkę Bożą o pomoc. Król Jan Kazimierz przypisywał orędownictwu Świętego zwycięstwo odniesione pod Beresteczkiem (1651).