Stanisław urodził się w Szczepanowie prawdopodobnie około 1030 r. Podawane imiona rodziców: Wielisław i Małgorzata lub Bogna nie są pewne. Stanisław miał pochodzić z rodu Turzynów, mieszkających we wsi Raba i Szczepanów koło Bochni w ziemi krakowskiej. Wioska Szczepanów miała być własnością jego rodziny. Swoje pierwsze studia Stanisław odbył zapewne w domu rodzinnym, potem być może w Tyńcu w klasztorze benedyktyńskim. Nie jest wykluczone, że dalsze studia odbywał zgodnie z ówczesnym zwyczajem za granicą. Wskazuje się najczęściej na słynną wówczas szkołę katedralną w Leodium (Liege w Belgii) lub Paryż. Święcenia kapłańskie otrzymał ok. roku 1060.
Biskup krakowski, Lambert Suła, mianował Stanisława kanonikiem katedry. Na zlecenie biskupa Stanisław założył, jak się przypuszcza, Rocznik krakowski, czyli rodzaj kroniki katedralnej, w której notował ważniejsze wydarzenia z życia diecezji. Po śmierci Lamberta (1070) Stanisław został wybrany jego następcą. Wybór ten zatwierdził papież Aleksander II. Konsekracja odbyła się jednak dopiero w roku 1072. Dwa lata przerwy wskazywałyby, że mogło chodzić w tym wypadku o jakieś przetargi, których okoliczności bliżej nie znamy.
O samej działalności duszpasterskiej Stanisława wiemy niewiele. Dał się poznać jako pasterz gorliwy, ale i bezkompromisowy. Pewnym jest, że w swojej rodzinnej wiosce wystawił drewniany kościół pod wezwaniem św. Marii Magdaleny, który dotrwał do XVIII wieku. Dla biskupstwa nabył wieś Piotrawin na prawym brzegu Wisły. Jest bardzo prawdopodobne, że wygrał przed sądem książęcym spór o tę wieś ze spadkobiercami jej zmarłego właściciela. Opowieść o wskrzeszeniu Piotra jest legendą.
Na pierwszym miejscu jednak największą zasługą Stanisława było to, że dzięki poparciu króla Bolesława Śmiałego, który go protegował na stolicę krakowską, udał się do papieża Grzegorza VII wyjednać wskrzeszenie metropolii gnieźnieńskiej. W ten sposób raz na zawsze ustały automatycznie pretensje metropolii magdeburskiej do zwierzchnictwa nad diecezjami polskimi. Św. Grzegorz VII przysłał do Polski 25 kwietnia 1075 r. swoich legatów, którzy orzekli prawomocność erygowania metropolii gnieźnieńskiej z roku 999/1000 oraz jej praw. Prawdopodobnie ustanowili też oni na stolicy arcybiskupiej św. Wojciecha nowego metropolitę, którego jednak imienia nie znamy.
W centrum zainteresowania kronikarzy znalazł się przede wszystkim fakt zatargu Stanisława z królem Bolesławem Śmiałym, który zadecydował o chwale pierwszego, a tragicznym końcu drugiego. Trzeba bowiem przyznać, że Bolesław Śmiały, zwany również Szczodrym, należał do postaci wybitnych. Popierał gorliwie reformy Grzegorza VII. Po zawierusze pogańskiej odbudował wiele kościołów i klasztorów. Sprowadzał chętnie nowych duchownych do kraju. Koronował się na króla i przywrócił Polsce suwerenną powagę.
Gall Anonim tak opisuje morderstwo Stanisława: „Jak zaś król Bolesław został z Polski wyrzucony, długo byłoby opowiadać. Lecz to wolno powiedzieć, że nie powinien pomazaniec na pomazańcu jakiegokolwiek grzechu cieleśnie mścić. Tym bowiem sobie wiele zaszkodził, że do grzechu grzech dodał; że za bunt skazał biskupa na obcięcie członków. Ani więc biskupa-buntownika nie uniewinniamy, ani króla mszczącego się tak szpetnie nie zalecamy”. Z tekstu wynika, że Gall sympatyzuje z królem, a biskupowi krakowskiemu przypisuje wyraźnie zdradę. Nie można się temu dziwić, skoro kronikarz żył z łaski książęcej. Pisał bowiem swoją historię na dworze Bolesława Krzywoustego, bratanka Bolesława Śmiałego.
Mamy jeszcze jedną kronikę, napisaną przez bł. Wincentego Kadłubka, który był kolejnym biskupem krakowskim – a więc miał dostęp do źródeł bezpośrednich, których my dziś nie posiadamy. Według jego relacji sprawy miały przedstawiać się w sposób następujący: „Bolesław był prawie zawsze w kraju nieobecny, gdyż nieustannie brał udział w zbrojnych wyprawach. Historia to potwierdza faktycznie. I tak zaraz na początku swoich rządów (1058) udaje się do Czech, gdzie ponosi klęskę. Z kolei dwa razy wyrusza na Węgry, aby poprzeć króla Belę I przeciwko Niemcom (1060 i 1063). W roku 1069 wyruszył do Kijowa, aby tam poprzeć księcia Izasława, swojego krewnego, w zatargu z jego braćmi. W latach 1070-1072 widzimy znowu króla Bolesława w Czechach. Podobnie w latach 1075-1076. Po śmierci Beli I w roku 1077 Bolesław wprowadza na tron węgierski jego brata, św. Władysława. Wreszcie wyprawa druga do Kijowa (1077) przypieczętowała wszystko”. Wincenty Kadłubek pisze, że te wyprawy były powodem, że w kraju szerzył się rozbój i wiarołomstwo żon, a przez to rozbicie małżeństw i zamęt. Kiedy podczas ostatniej wyprawy na Ruś rycerze błagali króla, aby powracał do kraju, ten w najlepsze całymi tygodniami się bawił. Wtedy rycerze zaczęli go potajemnie opuszczać. Kiedy Bolesław wrócił do kraju, zaczął się okrutnie na nich mścić. Fakt targnięcia się na św. Stanisława w kościele, w czasie odprawiania Mszy świętej, świadczy najlepiej o tym, jak nieopanowany był jego tyrański charakter. Wincenty Kadłubek przytacza ponadto, że Bolesław nakazywał wiarołomnym żonom karmić piersiami swymi szczenięta.
Kiedy król szalał, aby złamać opór, Stanisław jako jedyny – według kroniki Kadłubka – miał odwagę upomnieć króla. Kiedy zaś ten nic sobie z upomnienia nie czynił i dalej szalał, biskup rzucił na niego klątwę, czyli wyłączył króla ze społeczności Kościoła, a przez to samo zwolnił od posłuszeństwa poddanych. To zapewne Gall nazywa buntem i zdradą. Ze strony Stanisława był to akt niezwykłej odwagi pasterza, ujmującego się za swoją owczarnią, chociaż zdawał sobie sprawę z konsekwencji, jakie mogą go za to spotkać.