Misjonarze udali się najpierw do Austrazji, która stanowiła część Fryzji. Pozyskali tam dla Ewangelii bardzo wielu mieszkańców, w tym także znakomitych panów. Willibrord obrał sobie za stałą rezydencję miasto Anversa. Pracę misjonarzy wspierał św. Amand, biskup Utrechtu, który od lat prowadził tu pracę apostolską. Przeszkodą dla misjonarzy był jednak pewien mnich, imieniem Suitbert, który – wyświęcony na biskupa – działał samowolnie i uważał Willibrorda i jego towarzyszy za intruzów. W tej sytuacji Willibrord czuł się zmuszony udać się powtórnie do Rzymu. Sergiusz I, po wysłuchaniu relacji, udzielił mu sakry biskupiej w roku 695, w wigilię dnia św. Klemensa. Na tę pamiątkę Willibrord odtąd obrał sobie imię Klemensa. Papież nadto nadał mu paliusz arcybiskupa, by mógł w razie potrzeby na ziemiach pozyskanych dla Chrystusa mianować biskupów.
Po powrocie do Holandii Willibrord zamieszkał na stałe w Utrechcie (po śmierci św. Amanda). Wystawił tu katedrę i dom biskupi. Odbudował także sanktuarium św. Marcina, które wystawił tam niegdyś św. Wilfryd. W roku 698 Willibrord wybudował kościół w Trewirze i klasztor w Esternacht w dzisiejszym Księstwie Luksemburskim. Podobny klasztor benedyktyński założył w 714 roku w Limburgu. W tych fundacjach hojnie wspierał Willibrorda król Pepin II i jego małżonka, Irmina. Dużą zasługą Willibrorda dla kultury średniowiecznej było założenie szkoły katedralnej w Utrechcie, jedynej wówczas w Europie północnej obok szkoły katedralnej w Trewirze. Warto też wiedzieć, że Willibrord jako jeden z pierwszych pojął znaczenie jednolitej chrześcijańskiej rachuby czasu dla ewangelizacji (upowszechniał liczenie lat „od narodzenia Jezusa Chrystusa”).
Zachęcony powodzeniem misji we Fryzji, wraz ze swoimi towarzyszami udał się do Szlezwigu i Danii. Tu jednak spotkało go niepowodzenie, omal nie stracił życia. Wycofał się i udał się do Turyngii, gdzie z honorami przyjął go tamtejszy książę, Heden II. Na zaproszenie króla Franków udał się na jego dwór, gdzie udzielił chrztu jego synowi, Pepinowi III.
W roku 718 zasiadł na tronie Franków Karol Młot. Wkrótce zmarł król Fryzów, Radbod, który pokonany przez Pepina II, pozostał wrogiem chrześcijan. Dlatego korzystał z każdej okazji, by ich nękać. Teraz Willibrord mógł powrócić do Utrechtu. Zachowało się kazanie z 714 roku, które Willibrord wygłosił przed Radbodem: „Nie Bóg jest Tym, któremu oddajesz cześć, lecz diabeł, który ciebie, o królu, zapędził w najgorsze zaślepienie, aby wydać twoją duszę na wieczne potępienie. Albowiem nie ma innych bogów prócz Tego Jedynego, który stworzył niebo i ziemię, i morze. Ten, kto oddaje Mu cześć w prawdziwej wierze, osiągnie życie wieczne. O tym zaświadczam tobie dzisiaj, jako Jego sługa, abyś w końcu odwrócił się od kłamstwa starego zabobonu, w którym trwali twoi przodkowie, i uwierzył we wszechmocnego Boga, naszego Pana Jezusa Chrystusa. Abyś ochrzczony w źródle życia, obmył się ze wszystkich twoich grzechów, odrzucając całą twoją złość i niesprawiedliwość”.
Wiek i poniesione trudy misyjne stargały odporny organizm Willibrorda. Zmarł w opactwie w Echternacht 7 listopada 739 r. w wieku 81 lat. Jego relikwie złożono w kościele opactwa w Echternacht. Jest patronem diecezji w Utrechcie, Haarlem, Niderlandów i Luksemburga. Jego pomocy wzywali chorzy na padaczkę i choroby skóry oraz ludzie cierpiący na skurcze i drgawki. Nazywany jest Apostołem Fryzji.

W ikonografii św. Willibrord przedstawiany jest w stroju biskupim. Jego atrybuty: beczka, mitra, pastorał, dziecko na księdze, model kościoła.

Z całą wrodzoną sobie energią zabrał się do pracy. W 1564 r. otworzył wyższe seminarium duchowne (jedno z pierwszych na świecie). W kilku innych miastach założył seminaria niższe, by dla seminarium w Mediolanie dostarczyć kandydatów już odpowiednio przygotowanych. Prowadzenie seminarium powierzył oblatom św. Ambrożego, zgromadzeniu kapłanów diecezjalnych, które istnieje do dziś. Zaraz po objęciu rządów bezpośrednich (1567) przeprowadził ścisłą wizytację kanoniczną, by zorientować się w sytuacji. Popierał zakony i szedł im z wydatną pomocą. Dla ludzi świeckich zakładał bractwa – szczególnie popierał Bractwo Nauki Chrześcijańskiej, mające za cel katechizację dzieci. Dla przeprowadzenia koniecznych reform i uchwał Soboru Trydenckiego (1545-1563) zwołał aż 13 synodów diecezjalnych i 5 prowincjalnych. Dla umożliwienia ubogiej młodzieży studiów wyższych założył przy uniwersytecie w Pawii osobne kolegium. W Mediolanie założył szkołę wyższą filozofii i teologii, której prowadzenie powierzył jezuitom. Teatynom natomiast powierzył prowadzenie szkoły i kolegium w Mediolanie dla młodzieży szlacheckiej.
Był fundatorem przytułków: dla bezdomnych, dla upadłych dziewcząt i kobiet, oraz kilku sierocińców. Kiedy w 1582 r. została przeprowadzona reforma mszału i brewiarza, zdołał obronić dla swojej diecezji obrządek ambrozjański, który był tutaj w użyciu od niepamiętnych czasów. Kiedy za jego pasterzowania wybuchła w Mediolanie kilka razy epidemia, kardynał Karol nakazał otworzyć wszystkie spichlerze i rozdać żywność ubogim. Skierował także specjalne zachęty do duchowieństwa, aby szczególną troską otoczyło zarażonych oraz ich rodziny. Podczas zarazy w 1576 r. niósł pomoc chorym, karmiąc nawet 60-70 tysięcy osób dziennie; zaopatrywał umierających; oddał cierpiącym wszystko, nawet własne łóżko. W czasie zarazy ospy, która pochłonęła ponad 18 tysięcy ofiar, zarządził procesję pokutną, którą prowadził idąc ulicami Mediolanu boso. W 1572 r. na konklawe był poważnym kandydatem na papieża.
Ulubioną rozrywką Karola w młodości było polowanie i szachy. Był także estetą i znał się na sztuce. Grał pięknie na wiolonczeli. Z tych rozrywek zrezygnował jednak dla Bożej sprawy, oddany bez reszty zbawieniu powierzonych sobie dusz. Wyróżniał się szczególnym nabożeństwem do Męki Pańskiej. Dlatego nie rozstawał się z krzyżem. Tkliwą miłością darzył też sanktuaria maryjne.
Największą zasługą Karola był jednak Sobór Trydencki. Sobór, rozpoczęty z wieloma nadziejami, wlókł się zbyt długo z powodu złej organizacji. Trwał aż 18 lat (1545-1563). Dopiero kiedy Karol przystąpił do działania, sobór mógł szczęśliwie dokończyć obrady. Dyskutowano na nim o wszystkich prawdach wiary, atakowanych przez protestantów, i gruntownie je wyjaśniono. W dziedzinie karności kościelnej wprowadzono dekrety: nakazujące biskupom i duszpasterzom rezydować stale w diecezjach i parafiach, wprowadzono stałe wizytacje kanoniczne, regularny obowiązek zwoływania synodów, zakazano kumulacji urzędów i godności kościelnych, nakazano zakładanie seminariów duchownych – wyższych i niższych, wprowadzono do pism katolickich cenzurę kościelną, jak też indeks książek zakazanych, wreszcie wprowadzono regularną katechizację. Większość z tych uchwał wyszło z wielkiego serca kapłańskiego Karola Boromeusza. On też był inicjatorem utworzenia osobnej kongregacji kardynałów, która miała za cel przypilnowanie, by uchwały soboru były wszędzie zastosowane.
Zmarł w Mediolanie 3 listopada 1584 r. wskutek febry, której nabawił się w czasie odprawiania własnych rekolekcji. Pozostawił po sobie duży dorobek pisarski. Beatyfikowany w 1602 r., kanonizowany przez Pawła V w 1610 r. Jego relikwie spoczywają w krypcie katedry mediolańskiej. Jest patronem boromeuszek, diecezji w Lugano i Bazylei oraz uniwersytetu w Salzburgu; ponadto czczony jest jako opiekun bibliotekarzy, instytutów wiedzy katechetycznej, proboszczów i profesorów seminarium.

W ikonografii św. Karol Boromeusz przedstawiany jest w stroju kardynalskim. Jego atrybutami są: bicz, czaszka, gołąb, kapelusz kardynalski, krucyfiks; postronek na szyi, który nosił podczas procesji pokutnych.