W roku 1205 uzyskał ostrogi rycerskie (został pasowany na rycerza) i udał się na wojnę, prowadzoną między Fryderykiem II a papieżem. W tym czasie Bóg wyraźniej zaczął działać w życiu Franciszka. W Spoletto miał sen, w którym usłyszał wezwanie Boga. Powrócił do Asyżu. Postanowił zamienić swoje bogate ubranie z żebrakiem i sam zaczął prosić przechodzących o jałmużnę. To doświadczenie nie pozwoliło mu już dłużej trwać w zgiełku miasta. Oddał się modlitwie i pokucie. Kolejne doświadczenia utwierdziły go w tym, że wybrał dobrą drogę. Pewnego dnia w kościele św. Damiana usłyszał głos: „Franciszku, napraw mój Kościół”. Wezwanie zrozumiał dosłownie, więc zabrał się do odbudowy zrujnowanej świątyni. Aby uzyskać potrzebne fundusze, wyniósł z domu kawał sukna. Ojciec zareagował na to wydziedziczeniem syna. Pragnąc nadać temu charakter urzędowy, dokonał tego wobec biskupa. Na placu publicznym, pośród zgromadzonego tłumu przechodniów i gapiów, rozegrała się dramatyczna scena między ojcem a synem. Po decyzji ojca o wydziedziczeniu Franciszek zdjął z siebie ubranie, które kiedyś od niego dostał, i nagi złożył mu je u stóp, mówiąc: „Kiedy wyrzekł się mnie ziemski ojciec, mam prawo Ciebie, Boże, odtąd wyłącznie nazywać Ojcem”. Po tym wydarzeniu Franciszek zajął się odnową zniszczonych wiekiem kościołów. Zapragnął żyć według Ewangelii i głosić nawrócenie i pokutę. Z czasem jego dotychczasowi towarzysze zabaw poszli za nim.

24 lutego 1208 r. podczas czytania Ewangelii o rozesłaniu uczniów, uderzyły go słowa: „Nie bierzcie na drogę torby ani dwóch sukien, ani sandałów, ani laski” (Mt 10, 10). Odnalazł swoją drogę życia. Zrozumiał, że chodziło o budowę trudniejszą – odnowę Kościoła targanego wewnętrznymi niepokojami i herezjami. Nie chcąc zostać uznanym za twórcę kolejnej grupy heretyków, Franciszek spisał swoje propozycje życia ubogiego według rad Ewangelii i w 1209 r. wraz ze swymi braćmi udał się do Rzymu. Papież Innocenty III zatwierdził jego regułę. Odtąd Franciszek i jego bracia nazywani byli braćmi mniejszymi. Wrócili do Asyżu i osiedli przy kościele Matki Bożej Anielskiej, który stał się kolebką Zakonu. Franciszkowy ideał życia przyjmowały również kobiety. Już dwa lata później, dzięki św. Klarze, która była wierną towarzyszką duchową św. Franciszka, powstał Zakon Ubogich Pań – klaryski.

Franciszek wędrował od miasta do miasta i głosił pokutę. Wielu ludzi pragnęło naśladować jego sposób życia. Dali oni początek wielkiej rzeszy braci i sióstr Franciszkańskiego Zakonu Świeckich (tercjarstwu), utworzonemu w 1211 r. W tym też roku Franciszek wybrał się do Syrii, ale tam nie dotarł i wrócił do Włoch. W 1217 r. zamierzał udać się do Francji, lecz został zmuszony do pozostania we Włoszech. Uczestniczył w Soborze Laterańskim IV. Z myślą o ewangelizacji pogan wybrał się na Wschód. W 1219 r. wraz z krzyżowcami dotarł do Egiptu i tam spotkał się z sułtanem Melek-el-Kamelem, wobec którego świadczył o Chrystusie. Sułtan zezwolił mu bezpiecznie opuścić obóz muzułmański i dał mu pozwolenie na odwiedzenie miejsc uświęconych życiem Chrystusa w Palestynie, która była wtedy pod panowaniem muzułmańskich Arabów.